Nefes'in haberine göre; 26 Ocak 2001’de Gökçe hakkında dava açıldı. O dönem Cerrahpaşa Tıp Fakültesi’nde öğrenim gören Gökçe, akıl sağlığının yerinde olmadığını iddia edince Adli Tıp Kurumu’na sevk edildi ve kendisine “şizofreni” tanısı konuldu. Buna rağmen Gökçe’nin, daha sonra Cerrahpaşa Tıp Fakültesi’nden mezun olduğu ortaya çıktı. Ardından adını Ahmet Deniz Gökçe olarak değiştiren sanığın, bir süre aile hekimi olarak görev yaptığı belirlendi.
Gökçe, devam eden davasında hakkında ağırlaştırılmış müebbet hapis cezası verilince firar etti.
Bölge İstinaf Mahkemesi mahkumiyet kararını bozdu. İstinaf mahkemesi, sanığın altı ayda bir rapor alması gerektiğini belirtti. Adli Tıp Kurumu tetikçinin şizofreni raporlarını sundu. Bu süre içinde Gökçe’nin malulen emekli edildiği öğrenildi. Hizbullah üyesinin iyileştiği ve psikotik bulguya rastlanmadığı yönündeki Adli Tıp Kurumu raporuna rağmen, yargılamayı durdurma kararı verilen dosyanın üzerinden 9 ay geçti, ancak konuyla ilgili resmi bir açıklama yapılmadı.
